資料庫發佈：PPSDB，一個用於原生生物–原核生物共生的連結開放資料知識庫
摘要隨著原生生物（微生物真核生物）與原核生物（細菌和古菌）之間共生相互作用在生態和演化中的重要性日益被人們所認識，對其多樣性和文獻進行全面梳理也日益成為一項持續不斷挑戰。本文將介紹原生生物-原核生物共生資料庫 (PPSDB)，該資料庫包含來自 443 篇出版物的 1146 個人工整理的相互作用語句，其中的生物分類、解剖定位和所應用的分析方法均已註釋並映射到外部資料庫和本體，例如 Wikidata、NCBI Taxonomy 和 Gene Ontology。我將描述其資料模型如何實際應對資訊不完整和分類單元概念不一致等挑戰，這些挑戰將適用於類似的專案。此模型和底層 Wikibase 軟體平台均具有高度可擴展性，因此可以輕鬆添加新的項目和屬性。與靜態表格或引文清單不同，PPSDB 是一個結構化知識庫，支援程序化存取和強大的整合語義查詢。該資料庫可在https://ppsdb.wikibase.cloud/上找到。
